Theo quy hoạch trong khu bảo tồn, Khe Rỗ có diện tích hơn 5000ha, nằm giữa hai con suối: nước Vàng và khe Đin. Chạy ở giữa khu rừng nguyên sinh là suối Khe Rỗ, cũng vì thế mà khu rừng này mang tên Khe Rỗ. Độ cao của rừng tăng dần theo hướng tây bắc - đông nam, chênh nhau từ 600-700m, là nơi sinh sống của 276 loài thực vật, trong đó có nhiều loài quý hiếm như: pơmu, thông tre (la hán), trầm hương, lát lim, thông làng, sa nhân, ba tích..., 226 loài động vật thuộc 81 họ, 24 bộ, trong đó có một số loài quý hiếm đã có tên trong sách đỏ: gấu ngựa, sơn dương, gấu chó, báo, rùa vàng, tê tê,...